李毓昌被带进了客房，他的三名长随李祥、顾祥、马连升在旁边的厢房另有歇处。客房布置得很是华丽，实在与遭受了水灾的山阳形象不符合。李毓昌心中已经对这山阳知县王伸汉起了反感，待打开放在床正中的一个包袱，发现里面有三百两白银时，他恍然有些明白了。他立即去打开门，打算找王伸汉问个究竟，却发现适才紧盯着自己不放的长随包祥正站在门口。
李毓昌问道：“你是谁？”包祥道：“小的是王知县的长随，名叫包祥。”他虽然竭力用谦卑的口气说话，但神态却甚是倨傲，尤其是一双眼睛精然有光，全然不像一个下人。李毓昌很是疑惑，又问道：“你在我门口干什么？”包祥道：“知县大人派小的来看看大人对这里的安排是否满意。”李毓昌指着床上的白银：“那这是……”包祥道：“一点小小的见面礼，每位大人都有。还请李大人笑纳。”又刻意加重了语气：“其他各位大人都已经收了。”李毓昌一时气得说不出话来，当即扬声叫李祥等三名长随收拾行李，连夜离开了县衙的馆舍。
这一夜，对李毓昌主仆四人来说真是个不眠之夜。他们找尽了城中的客栈，却没有一家店敢收留。最后还是一个好心的店家指点四人前去善缘庵投宿，这才勉强有了个落脚之处。
善缘庵的客房与衙门馆舍相比，真是一个地下，一个天上，但李毓昌却心安了许多。他虽然初入官场，但并不是不懂世故之人。山阳知县王伸汉一上来就对前来查赈的官员大行贿赂之事，显然是内心有鬼，赈灾一事必有蹊跷。而其他查赈委员已经接受了贿赂，与王伸汉沆瀣一气，定会知情不举，自然不再是同路人。他已经打定主意，明天一早就独自带着三名长随下乡查赈，要把其中的真相查个明白。此时，心事重重的李毓昌丝毫没有留意到李祥、顾祥、马连升三人都流露出了怨恨不满的神色，尤其以李祥为甚。
次日，九月二十九日一大早，李毓昌向庵中僧人问明道路，径自带领三名长随直奔山阳乡下，访贫问苦，体察民情。山阳县下辖四十乡，每乡约数十村。这一查就是整整一个月，到十一月初，李毓昌在查完两个乡后，带着三名长随回到山阳县城善缘庵处。李毓昌明显心情不佳，总是一个人在房内长吁短叹，似乎有满腹心事。没过几天，十一月初六的夜晚，他突然在善缘庵的住处悬梁自尽了。
噩耗传到李毓昌山东老家，家人无不悲痛欲绝。尤其是李毓昌妻子林氏又是伤心又是不解，疑窦丛生：她丈夫秉性刚毅，寒窗苦读，曾多次参加会试，这次好不容易中了进士，金榜题名，又候补了知县，步入了老爷的行列，正是春风得意之际，怎么会突然上吊自杀呢？然而，不解归不解，淮安知府王毂已经以李毓昌自缢身亡定案，她一个妇道人家，又能怎样？眼下还是先办理丈夫的后事要紧。
当年十一月十六，李毓昌叔父李泰清受托从山东赶到山阳，准备迎李毓昌灵柩回乡。山阳知县王伸汉亲自领着李泰清到善缘庵开棺验尸。李毓昌灵柩被停放暗室之中，且棺底用木凳四面垫起。据王伸汉说，这样做是为了防止尸体腐败。年迈的李泰清为了最后看侄子一眼，不得不踩着板凳俯视棺材，只见李毓昌面色惨白如纸，眉目模糊不清。李泰清一时悲从心来，实在不忍心再看。于是就此盖棺。王伸汉还特意送给李泰清白银一百五十两作为路费，表示对李毓昌壮年而逝的同情。
当时正值冬季，寒风凛冽。李毓昌灵柩运抵老家山东即墨后，因天寒地冻，便暂时搁置在李氏堂屋中，预备等到春天凝土解冻后再行下葬。
嘉庆十四年（1809）二月，李毓昌妻子林氏在检点亡夫遗物时，偶然发现一件皮马褂上有斑斑血迹。另有一页禀帖残稿，稿中有“山阳知县冒赈，以利陷毓昌，毓昌不敢受，恐上负天子”等语。林氏本来就觉得丈夫死得无原无因、不明不白，这下更是疑心大起，立即找来叔父李泰清商议。李泰清检验皮马褂后，确认为血衣，也开始怀疑李毓昌是被人谋害致死，决定重新开棺检验。打开棺材细看尸体，这才发现李毓昌的面白是用石灰涂抹而成，口鼻间还留有些许血渍，而尸体的手足指甲、牙尖、心窝、肚脐均为青黑色，呈现出明显的中毒迹象。古代一般用银器来检验毒药，李泰清拿了根银簪伸入尸体口中，银簪立即变为黑色，证明口中确实有毒。至此，李毓昌系被害身亡已经是确认无疑的事。这到底是怎么一回事呢？
原来山阳知县王伸汉是个臭名远扬的大贪官，平时就爱雁过拔毛、敲骨吸髓，以鱼肉百姓、搜刮民财为能事，弄得一方百姓怨声载道。水灾发生后，他不但置饥寒交迫的饥民于不顾，反倒把水灾看成是借机发财的良机，一方面虚报灾民人数，冒领赈银，另一方面缩减实发数目，大肆克扣。这一年，山阳县领得赈银九万九千两，有二万五千两都被他中饱私囊落入了个人的腰包，几乎占全部赈银的四分之一。刚好此时，李毓昌等一行查赈委员来到山阳，王伸汉生怕吞赈之事败露，立即挨次贿赂查赈委员。其他委员都还好说，只有李毓昌执意不受，并立即搬离县衙公馆，改住到善缘庵，由此令王伸汉忌恨不已。
而李毓昌随即率三名长随赴山阳乡下查赈，勘验受灾程度，逐户查核人口、赈票及领取赈银数目，并登记造册，再与原山阳县所报之放赈名册逐一核对，核实有无漏赈和冒领现象。到十月底，李毓昌复查完两乡，已经完全掌握了山阳知县王伸汉借放赈之机虚报户口、克扣赈银的实据。他将所发现的问题逐一列出条款，亲自草拟呈文，准备上报负责查办赈务的江宁布政使杨护，并揭发王伸汉贪赃枉法、趁灾打劫的所作所为。
自从李毓昌搬离衙门馆舍后，王伸汉一直寝食难安，他派出亲信长随包祥监视李毓昌的一举一动。得知李毓昌将要检举揭发自己贪污罪行后，王伸汉大为恐慌，急忙写了一封书信，请李毓昌速回县衙。
县衙早就准备好了各种珍馐美味，王伸汉又殷勤劝酒，诱之以利，说：“你初入仕途，还不知道做官的诀窍。想想你这些天日赴茅舍，访贫问苦，天寒地冻，如此劳累，却只是慕虚名而失实惠。我私下认为你不该如此。”话已经说得十分明白，旁边也摆出了一万两白花花的银子，不料李毓昌义正词严地答道：“为官之道贵在清廉。我并不是不想得实惠，而是不忍心向垂毙的饥民攫取口食！你私下克扣赈银，实非民之父母所为。我不敢自污以欺天，不过我必会将实情呈之上台，以救生民于水火，以正朝廷之律令！”说完拂袖而去。
王伸汉见李毓昌无法收买，感到大祸即将临头，非常恐惧，立即召来长随包祥商议对策。包祥原本是江洋大盗，为人心狠手辣，后因盗案事发被官府追捕甚急，赖王伸汉庇护才得以逃脱，从此投效王伸汉门下，甘为长随。因其人遇事有谋略，深得王伸汉信任。
之前包祥暗中监视李毓昌主仆时，曾经听到李毓昌长随李祥暗中咒骂李毓昌，决定先去找李祥打探一下情况。打听之下才知道，李毓昌已经将所查户口的清册及揭发王伸汉私吞赈银的禀帖写好，并准备于三天后的冬至起程，前往淮安府。
王伸汉听到包祥转告的情况后，更加六神无主，如坐针毡。包祥倒是非常镇定，说：“事到如今，与其束手待毙，身败名裂，倒不如先下手为强。先将李毓昌除掉，便可灭口，再无后患。”王伸汉听了一震，半晌无言，但又实在想不出别的办法，就问道：“如何除法？”包祥胸有成竹地说：“李毓昌平时管束手下甚严，他手下之人不能捞取半点外快，多有怨恨之声。特别是长随李祥，不久前曾被李毓昌当众责骂，心中更加厌恶其主。如果大人许以重金，授以密计，足能促使李祥除掉李毓昌。这其中过程，可如此如此……”王伸汉微一思索，便命包祥依计而行。
于是包祥出面，先是邀请李祥小酌。畅饮之时，包祥有意提到李毓昌不会为官。李祥如遇知己，大谈李毓昌为人之刻薄。包祥趁机许以白银五百两让李祥除掉李毓昌。起初，李祥闻言后骇然，愣了半天才说：“害人绝非儿戏，若是事发怎么办？”包祥笑道：“有知县大人从中周旋，决不会连累你的。”又告知李祥自己本为巨盗，被官府捕获，因王伸汉出面周旋也脱了罪。利欲熏心的李祥经不住利益诱惑，当即同意。
当下，李祥叫来另外两名长随顾祥和马连升，说明事由，二人也欣然同意。包祥便将如何下手行事的机宜面授三人。
嘉庆十三年（1808）十一月初六，王伸汉下请柬邀李毓昌到县衙赴宴，被李毓昌婉言拒绝。王伸汉便亲自前往善缘庵相邀。李毓昌虽然对王伸汉十分厌恶，但碍于情面，只得同往。酒席间，王伸汉只字不提查赈之事，这倒让李毓昌松了一口气，完全没有看出对方其实是心怀鬼胎。在王伸汉的殷勤劝酒下，李毓昌被灌得酩酊大醉，自己都无法独力行走。王伸汉于是派长随包祥带人送李毓昌回善缘庵。
此时已经二更天，夜色已深，善缘庵中僧人俱已就寝。包祥将李毓昌送回善缘庵时，趁机将一包砒霜塞到了李祥手中。李祥会意地点了点头，包祥这才离开。
浑然不省人事的李毓昌被扶回卧室和衣而睡。半夜时，李毓昌酒醒口渴，便叫人上茶。李祥早已将砒霜投入茶中准备好，闻声立即端上。李毓昌接茶后一饮而尽，不一会儿便毒性发作，腹痛难忍，颠仆狂吼，从床上滚落下来。李祥、顾祥、马连升三人过来查看，见地上的李毓昌神色骤变，口吐鲜血，已经奄奄一息。三人急忙上前，顾祥扶住李毓昌的头。李毓昌有气无力地喝问道：“你要做什么？”一旁的李祥冷笑着说：“仆等不能事君矣。”一旁的马连升解下腰带，紧勒住李毓昌咽喉。可怜李毓昌无论如何都没有想到是身边之人对自己下手，挣扎了一会儿便气绝身亡了。三人又将李毓昌的尸体悬挂于房梁上，伪造出上吊自杀的现场。一切摆弄好后，已经是十一月初七的清晨。
初六夜，山阳知县王伸汉和长随包祥也都没有入眠，在县衙焦急地等待消息。终于到了初七清晨，李祥等三人来到县衙报案，声称其主李毓昌几日内不知何故心神不宁，已经于夜间自缢身亡。王伸汉和包祥这才如释重负，相视而笑。
接到报案后，王伸汉带着包祥亲往善缘庵查勘。一进卧房，不先检查尸体，而是先行搜出李毓昌箱内的纸稿销毁，那些正是李毓昌准备向江宁布政使呈送的禀帖及户口清册。清理现场后，王伸汉派人将案情报知淮安知府王毂，还暗中送上了两千两白银，名为修缮府第的费用。而在这之前，王伸汉为了达到克扣赈银、中饱私囊的目的，已经向王毂打点过两千两。这次王毂一收到白银，便已经猜到了李毓昌之死十之八九有蹊跷。他带人来现场验尸，看到李毓昌面色青紫、口鼻出血，明显为中毒症状，心中顿时明白了。他心中正琢磨如何妥善收场，刚好此时仵作李标验完了尸，大声喝报道：“尸口有血。”
尸口有血还能以自杀结案？王毂勃然大怒，立即下令杖责这个不识时务的仵作，并命其再验。可怜李标已经年过七十，莫名其妙地挨了一顿打。不过他毕竟在衙门里当了一辈子仵作，挨打后也立即会意过来，再次验尸时，便擦去了李毓昌口边的血迹，又用石灰涂抹呈现青紫的面孔，以掩人耳目。最终，李标报验结果时隐瞒了死者中毒实情，王毂这才面露喜色，以李毓昌悬梁自尽而草草结案，并派人前往山东通知李毓昌家属迎灵柩回故里发丧。
案子结了，最欢喜的人莫过于李祥、顾祥、马连升。三人喜滋滋地来衙门找包祥，索取五百两酬金。不料包祥不但翻脸不认账，还恶狠狠地威胁说：“你们三个图财害主，本应治罪。若是泄露半句，定叫你们身首分家。”李祥等人这才知道遇上了更阴险毒辣的主儿，但出于畏惧，一个字也不敢多说，只好含恨而归。王伸汉不如包祥狠决，还是怕事情败露，之后又安抚了李祥等三人，并将李祥推荐到淮宁县衙当长随，将顾祥推荐到吴县当差，马连升则被推荐到宝应县内。
本来一切都已经安排得妥妥当当、天衣无缝，哪知道当初山阳知县王伸汉到善缘庵验尸时，忽视了一张收在李毓昌身穿的皮马褂内的禀帖，也就是后来李毓昌遗孀林氏检出的稿中有“山阳知县冒赈，以利陷毓昌，毓昌不敢受，恐上负天子”字样的残稿。而后来淮安知府王毂验过尸以自杀结案后，李祥等人为李毓昌装殓，将皮马褂脱了下来，收在一边，李毓昌叔父李泰清到来后，便作为遗物交给了李泰清。带血的皮马褂和禀帖残稿后来成了开棺验尸的有力凭证。
在山东即墨，当林氏和李泰清发现李毓昌死于被害后，悲痛难名，决意为亲人申冤。刚好这个时候，另一即墨官员初彭龄回到老家探亲。
初彭龄，乾隆四十五年（1780）进士，以“清介”自许，以“报称”为心，素来以耿直敢言而闻名于朝野。就在三年前，铁保新任两江总督、初彭龄调任安徽巡抚之时，寿州发生了一起特大命案：武举张大有与侄子张伦争夺女人，投毒将张伦及一名雇工害死。因张大有家境富有，通过苏州知府周锷打通了两江总督铁保的关节，最后以张伦等被毒蛇咬伤致死定案。结果初彭龄从中发现了端倪，查出真相后，张大有伏法，铁保也因为失察褫官衔、降二品顶戴，虽然铁保不久又官复原职，但初彭龄不畏权贵的美名却是传开了。
初彭龄与李毓昌同籍，曾有师生之谊，得知李毓昌英年而逝后既感愕然，又深为惋惜。李泰清趁机将李毓昌之死的种种可疑之处告诉了初彭龄。初彭龄听后义愤填膺，立即亲写诉状，敦促李泰清携诉状到京师都察院（清代最高的监察、弹劾及建议机关）去控告。
就在李泰清及李士璜（李毓昌堂伯）要离开山东赴京告状之际，初彭龄又派人通知李泰清，要他立即将李毓昌灵柩在堂屋中就地掘坑深埋，以防有人前来窃尸焚骨，失去最关键的凭证。初彭龄久经宦途，饱经世故，对官场的险恶了如明镜。果然，就在李毓昌灵柩被深埋后的几天，听到风声的王伸汉派“盗贼”前来窃尸，但已经晚了一步，李毓昌灵柩已经被深埋入窖。“盗贼”无法下手，只好取走李氏大门前的旗杆顶子，以此为凭据回报王伸汉。
嘉庆十四年（1809）五月初，李泰清和李士璜到达北京，立即赶到位于紫禁城天安门（即明朝的承天门）前的宫廷广场西侧宫墙外的都察院具控喊冤。左都御史特克慎接了诉状，李泰清将事情经过告知，并将血衣、禀帖残稿、银簪等证物呈上。特克慎一听说新科进士、朝廷命官李毓昌被人谋杀，显见案情复杂，便暂时收了诉状，没有明确表态。
几天后，初彭龄也到达北京。他此行的主要目的是回京述职，但也十分关心李毓昌一案。回到北京当天，初彭龄赶到都察院询问李毓昌案情。特克慎并不知道诉状其实就是初彭龄所写，正想了解案情经过，认为初彭龄与李毓昌同乡，肯定知道内情，便将诉状交给他看。初彭龄假装看完诉状，说：“李毓昌是莱州府人氏，我祖籍本是登州府，并非同乡。”他这样说，则可以有效地避嫌。特克慎果然征询初彭龄的处理意见。初彭龄说：“李毓昌是朝廷命官，竟然被人谋害，此案重大之极。可事关其他朝廷命官，难免棘手。不如将诉状呈上，请皇上御批最为妥当。”特克慎深以为然。这样，在初彭龄的巧妙安排下，李毓昌命案被直接送到了嘉庆皇帝面前。
前面已经详细讲过嘉庆皇帝当时内外交困的处境，他正为吏治腐败、朝廷官员贪风泛滥而焦头烂额，接到都察院呈递的李毓昌命案诉状后，当即火冒三丈，立即下了两道圣谕：一是命山东巡抚吉纶立即派精干大员到即墨把李毓昌尸棺运到省城详验；二是命两江总督铁保及江苏巡抚汪日章将山阳知县及有关人证火速解京，由军机大臣会同刑部直接审讯。为了防止出现类似之前铁保徇私舞弊的情况，嘉庆皇帝在谕旨中特意强调说：“若不悉心研鞫，致凶手漏网，朕断不容汝辈无能之督抚，唯执法重惩，决不轻恕！”
山东巡抚吉纶之前已经因为在失察仓书舞弊一案中被降二级留任，此次接旨后不敢怠慢，一面调集精兵强将组建成验尸团，其中包括山东布政使朱锡爵、山东按察使张彤、济南知府徐日簪、武定知府金国宝、登州知府石俊、历城知县王嵩、嘉祥知县周以勋、德州知州周履端、阳谷知县王吉，这九名省、府、州、县官员作为监验官，一面派出人马赶到即墨调运李毓昌尸棺到省城济南。
尽管天子亲自批示要调查此案，山阳知县王伸汉仍然在作最后的努力。当吉纶派出的人马在即墨重新挖出李毓昌尸棺时，王伸汉的亲信包祥已经赶到济南，出重金买通了将要为李毓昌验尸的仵作。同一时间，李泰清等人也赶回了即墨，准备参与取棺验尸。只是他们对仵作已经被王伸汉买通一事尚懵然不知，完全蒙在鼓中。一方面是皇帝严查命案的圣旨和亲人为死者申冤的决心，一方面是凶手不肯坐以待毙的挣扎，案情由此更加复杂，真相还能大白于天下吗？
六月十一日，在山东布政使朱锡爵、寿光县县丞王会图、安丘县县丞杨遇春、即墨县知县谭文谟和李毓昌亲属李泰清、李毓奎、李毓庄等人的押护下，李毓昌尸棺到达山东省城济南南门外校场。校场已经搭好席棚、设下案桌，做好了验尸的准备。
六月十二日，验尸开始。此时，李毓昌死亡已经有八个月之久，尸体早已开始腐烂，从身体表面已经无法看出是毒杀还是上吊自杀。经过商议，监验官决定按宋代著名法医学家宋慈名著《洗冤录》中的蒸骨法进行蒸骨验尸。而这一点早已为山阳知县王伸汉所料到，他让买通的仵作在验尸时暗中放入了咸盐。这样，在盐的作用下，骨头蒸完后呈现绵白色，看上去并没有中毒迹象。
在场监验官无不面面相觑，如此大费周折，甚至惊动了皇帝，众人都以为必然是一桩大冤案，谁料竟然还是要维持原判。幸好此时李泰清上前尝了验尸的蒸骨水，发现有咸味，于是痛哭不已，要求重新蒸验。山东布政使朱锡爵同意了，他很有心机，第二次蒸验正要开始的时候，他突然叫停，走上去亲尝蒸骨水，发现仍然有咸味。至此，仵作作弊一事败露。朱锡爵大怒下，命人当场将作弊仵作杖毙。另取干净水蒸骨后，骨头全黑，李毓昌中毒已经是确认无疑。
不过此时又有新的疑点出来：新蒸骨骸中龟子骨仅呈微青色，而心坎骨又全无青色，这是怎么一回事？当场有名经验丰富的仵作对此解释说：“人中毒后，毒先入四肢，毒气攻心才能毙命。死者肯定是先中毒，但毒气还未攻心之前，他已经被勒颈而死。这样一来，毒气没有到达心尖，所以心坎骨无青色。”
这样的解释合情合理，但又有新的问题冒了出来：那就是李毓昌中毒后，到底是自己上吊还是被他人勒死后吊上屋梁？本来，在中国历史上，用上吊自杀来掩饰勒杀的情况非常普遍，《洗冤录》中记载有可以通过检验勒痕的做法来识别，通常勒杀后再吊上屋梁会在脖子上留下两道勒痕，还有一些其他迹象明显区别于自己上吊。但此时李毓昌尸体已经腐烂，无法从勒痕来辨别，监验官只能完全靠分析推理来解决疑惑。如果是李毓昌自己上吊，那么他的口鼻怎么会出血？即使是口鼻出了血，一个上吊之人又怎么会用自己的马褂衣袖去擦血迹呢？如此推断起来，李毓昌必然是他杀，但事实经过如何，就需要人犯的口供来证实了。
至此，山东济南这边的验尸工作在历经波折后终于结束，验尸经过和结果被如实上奏朝廷，李毓昌尸骨也被重新装殓运回即墨。
而另一边李毓昌命案的案发地江苏也早忙成一团，两江总督铁保和江苏巡抚汪日章派出大批人马缉捕涉案人犯。李毓昌长随李祥、顾祥，淮安知府王毂，山阳知县王伸汉及其长随包祥、张祥、余升，厨子钱升等先后被捕，解往京师。
李毓昌另一长随马连升本被王伸汉推荐到宝应县任职，但他自从害死主人后难以自安，没有到职便躲回了山东聊城老家。不过，他家中贫困，无以为生，后又不得不到京师谋生做长随。李毓昌案发后，震动朝野，马连升惶恐无助，干脆主动到刑部投案自首。
七月初三，全部人犯都解到了京师，由刑部收监，会同军机处严审。由于铁证如山，经过多次对质后，案情已经真相大白，各案犯均低头认罪。谋害李毓昌的元凶王伸汉也供认了吞赈在前、行贿在后及杀人灭口的全部过程。
据清人梁恭辰在《北东园笔录初编》中记载，王伸汉本来拒不认罪，有一天熬跪倦极，便向审讯官员求一杯茶喝。审讯官员命左右端了一杯茶给他，不料他接过茶后并不喝，而是瞪着茶杯良久。也许是他想到了当初李毓昌喝毒茶的情形，这之后，王伸汉便吐实招供了。
这期间还发生过一场自杀的戏剧性场面。淮安知府王毂深知罪责难逃，决意自杀。他将随身带的玻璃小镜砸碎后，用碎片划伤了自己的腹部和颈部。但很快被狱卒发现，救治了过来。不过当班狱卒也因为疏于防守被“交部察议，各行研鞫”。
更可笑的是，涉案人犯已经在北京认罪后，两江总督铁保竟然还糊里糊涂地上奏说：“此事尚毫无端倪，容再加体访具奏。”又说：“铺叙鬼神之词（指李毓昌托梦给妻子林氏一事）以为破案之来历。”本来他跟李毓昌命案并无直接干系，但他模棱两可、醉生梦死的态度彻底激怒了嘉庆皇帝，决定拿此案开刀，将这位总督一并处置，以达杀一儆百之效。
嘉庆十四年（1809）七月初十，审理结果下达：谋杀李毓昌之主犯王伸汉立即处斩，并抄没家产，其长子流放乌鲁木齐；长随包祥刑夹后斩首；李祥、顾祥、马连升三人因谋害主人，属于大罪，按“雇工人谋杀家长，照子孙谋杀祖父母者，皆凌迟处死”。受贿的淮安知府王毂绞立决；为李毓昌验尸的仵作李标杖一百，流放三千里；派往山阳的查赈委员除李毓昌、章家璘拒绝贿赂外，其余九人均因受贿被流放，且抄没家产；除此之外，嘉庆皇帝亲谕定论处罚五名朝廷大员：两江总督铁保革职，流放乌鲁木齐；江苏巡抚汪日章革职回籍；江宁布政使杨护降职，留河工效力；江宁按察使胡克家革职，留河工效力；淮扬道道台叶观潮革职留任。
而死去的李毓昌被赏加知府衔，优厚安葬。嘉庆皇帝亲制《悯忠诗》五排三十韵，刻石立于李毓昌墓前。李毓昌之嗣子李希佐被赐举人身份，允许直接参加会试。李毓昌叔父李泰清也被封为武举。