超人力霸王总算死里逃生，获得胜利。
下一场苦战随即而来，原来是日本政府偷偷在公海试爆核子弹，虽然无人察觉，也没有造成灾难，但是核子弹的强烈辐射线却感染了一尾附近水域的鯊鱼，鯊鱼突变成一头类似巨大人类的怪兽、海底原人拉贡。
海底原人拉贡游上日本岸边，肆虐海边城市，造成居民死伤无数，「科学特搜队」立即派出战斗机攻击海底原人拉贡，拉贡身高50公尺，体重20000公吨，虽然行动迟缓，但是皮肤光滑、无惧「科学特搜队」的武器，牠的口中还能射出破坏强光，「科学特搜队」不敌。
为了防止拉贡造成更大灾难，早田进虽然明知与怪兽战斗、都会遭遇生不如死的折磨，他依然义无反顾地以变身器化为身强体健的超人力霸王，与海底原人拉贡展开殊死战。
拉贡的肤质特殊且滑溜，竟然连超人力霸王拿手的斯派修姆光线也无法伤害牠，所幸拉贡动作缓慢，牠的破坏光线根本射不中行动敏捷的超人力霸王，超人力霸王的肌肉健壮、力大无穷，拉贡被超人力霸王打的节节败退，早田进心中大喜，以为此次必能顺利取胜。
然而天不从人愿，拉贡转身逃回海中，超人力霸王立即追入海里，没想到迟钝的拉贡在水中行动自如，转变成速度惊人的怪兽，超人力霸王在海里反而动作受阻，不是拉贡的对手，被拉贡咬得浑身是伤，并惨遭拉贡的破坏光线炸断双臂，行动更加不便，血流如注，痛苦挣扎。
拉贡于是将超人力霸王拉往海中深处，下潜至海底10000公尺的深沟内，超人力霸王的能量来自太阳，海沟内缺乏阳光，超人力霸王更加虚弱，加上海水压力超级巨大，超人力霸王的内脏纷纷被压破，生不如死，只能任由拉贡无情地啃食却无力反抗，转眼就要惨死在深海之中。
早田进承受着椎心刺骨的苦痛，却与超人力霸王同样无法反击，只能绝望地看着死神降临，难道年轻英俊的早田进就要与健美的超人力霸王一起葬身于深海之中了吗？