同时，还要掌握意念运行的火候，不可太过亦不可不及，要使所采之药老嫩适中，以利于进一步炼制成丹。
五、封炉
小周天功法，多以下丹田为炉，泥丸宫为鼎，合称炉鼎。经过采药之法，把“外药”采进下丹田的炉中之后，需要及时封固，不使外驰。
封固不仅在于封固被采入炉中的外药，而且要及时温养，温养需要文火，将神、气俱伏于气穴。然后再次“火逼金行”，运药烹炼，待其有行动之机，则周天武火，自此起伏。
文火，指在意念作用下，呼吸微缓，不使其间断，“若守若存，勿亡勿助”。所谓武火，指呼吸紧重，匀细深长，“绵绵不断，息息归根”。文火用于温养，用于沐浴；武火用于采取，用于烹炼。
外药入炉封固温养，再次火逼金行。此次火逼金行以呼吸为主，对药物进行起运烹炼；而上次火逼金行，则是以意识之火为主，把“药”及时采进炉里。两者有所不同。
六、运炼
即把采入炉内、经过温养后逼进任、督两脉的外药（先天祖气），用进火退符的周天之法炼成丹母，共运炼三百息、三百候。
任脉为循行于颈喉胸腹主中线的经脉，总任一身阴经，故称“阴脉之海”。
督脉为循行头项脊背正中线的经脉，总督一身阳经，故称“阳脉之海”。
用武火将经过温养的药物出炉升鼎，从下丹田的炉后两个小孔，经尾闾送进督脉，然后进阳火、退阴符，进行周天运炼，即为小周天功法。
小周天运炼，使任督周流，督升任降，如环无端，具体路线为药物经下丹田后两个小孔下降，过会阴，经尾闾而接入督脉，又从督脉贯脊上行，入泥丸宫，然后从泥丸出头面正中降至鼻唇，又经鼻唇下交任脉，由下唇凹陷处的承浆穴下颈，沿胸腹正中线下行，回到下丹田。如此由督入任，督升任降，周流一周，就是一个小周天，亦名“河车搬运”。
小周天药物烹炼过程，要经过“三关”、“上下鹊桥”、“三丹田”。
三关尾闾关、辘轳关、玉枕关。尾闾关在脊柱骨的最下端，其地有长强穴；辘轳关又称夹脊关，其关在背脊正中，当俯卧睡时，两肘尖连线的正中；玉枕关在脑后正中发际枕骨下端，在两侧风池穴之间。此三关为药物运炼过程中三处险而难通之处，由尾闾到泥丸的督脉，运药时称为河车之路。
三关为河车上升之路，由尾闾到夹脊。细步慎行，如羊驾车之轻柔；由夹脊至玉枕，巨步急奔，如鹿驾车之迅捷；由玉枕至泥丸，大力猛冲，如牛驾车之奋进。三车与三关所指位置略有不同。
上下鹊桥－－上鹊桥有两个，一在两眉之间的印堂，一在鼻窍处；下鹊桥也有两处，一在尾闾，一在谷道处。
两者都是一实一虚，行小周天功法，当“药物”流经上鹊桥时，要舌抵上腭，如此则任、督架通，周流不息。而其“药物”容易走失之处，则为下鹊桥的谷道处。其走失的信号为肛门矢气（放屁），当“药物”运经下鹊桥时，不要忘了撮提谷道，以防走漏。
三丹田－－位置都处在任脉通道上。脑为髓海上丹田，心为绛宫中丹田，脐下三寸为下丹田。下丹田，为藏气之府；上丹田，为藏神之府。
七、火候
在内丹功中指用元神与精气相合于任督二脉运转烹炼，亦指用元神、精气运转烹炼的时机与程度。
在内丹修炼中每一步都有火候。分为内火候、外火候、炼药火候、合丹火候、修性火候、文烹火候、武炼火候等。
金丹靠火候修持而成，火为修持之功力，候为修持之次序，采药须知迟早，炼药须知时节。
火候进退是周天烹炼的关键。
“进”指进阳火，当药物进入督脉后，用加强意念和吸气方法，使之逆而上行。
“退”指退阴符，当药物通过泥丸宫行将交入任脉时，用放松意念和呼气方法，使之顺而下行。
进阳火，除去卯时沐浴，主要在于子、丑、寅、辰、亥五阳时进行，其法于五阳时中意守丹田，行吸气着重而长、呼气自然而短，把呼吸的重点放在吸气之上的火候法，呼吸次数按“乾用九而四策之”，以子、丑、寅、辰、已各升三十六吸，每三十六吸为一时，五阳时共得一百八十吸，此刻气机正合升至乾顶泥丸，即完成小周天进阳火程序，可转为退阴符。
退阴符，除去酉时沐浴，主要在于午、未、申、亥五时进行，其法于五阴时中意守丹田，行呼气着意而长、吸气自然而短、把呼吸重点落在呼气之上的火候法。其呼吸次数是按“坤用六而四策之”的原则进行，以午、未、申、戌、亥各降二十四呼，每二十四呼为一时，五阴时共得一百二十呼，此刻气机正合由泥丸回降至下丹田，则“小周天”退阴符事告毕，完成了一小周天的气机升降。
八、沐浴
指在炼药进火退符过程中的“息火”和“停符”，是调节火候的一种方法。“卯时沐浴”，“酉时沐浴”。即进阳火至卯宫时，不进火；退阴符至酉宫时，不退符。不进火、不退符即呼吸无心，略事休息，以便温养。
具体方法为活子时来到，先天祖气从丹田由尾闾循督脉逆行上升，行吸气着意而长、呼气无心而短的进阳火候时，当进阳火的功法由于历丑，经寅达卯，至卯时则神往夹脊，把吸武呼文的火候调和为毫不经意的自然呼吸，待自然呼吸三十六次后，“卯时沐浴”之功告毕。
此时又须把毫不经意的自然呼吸改为吸武呼文的进阳火候，直至最后完进阳火的辰、亥火候，使气抵泥丸宫（午时）而交入退阴符候，退阴符候时，气从泥丸循任脉下降，行呼气着意而长入，吸气随意而短，当退阴符候的功法由午历未，经申达酉，至酉时则神往黄庭，把呼武吸文的火候调和为毫不经意的自然呼吸，待自然呼吸二十四次后，“酉时沐浴”之功告毕，又把毫不经意的自然呼吸改为呼武吸文的退阴符候，直至最后完成退阴符的戌、亥火候，使气归抵于下丹田。
九、停火
又称止火，指炼运火候百（如加上卯酉沐浴则为三百六十候）届满，阳光三现（两眉印堂三次出现闪光）之时，要及时停止火候，停止河车运转。火候已足，下丹田结成珠黍样的丹田黄芽，如不撤去火候，就会药老丹伤。
止火以后，即转入“炼气化神”的大周天阶段。
小周天功法九个层次，可简单归结为“采”、“封”、“炼”、“止”四个过程。完成炼精化气小周天功一般需一百天，故称“百日关”。
三、炼气化神
炼气化神又称大周天、中关、十月关。是内丹修炼的第三阶段。
小周天在于将精与气合炼成为气，达到“三到二”；大周天在于将气与神合炼，使气归神，达到“二归一”。
大周天又称“乾坤”、“卯酉周天”。经后天八卦取坎填离之后，由离南（午）坎北（子）转变为乾南（午）坤北（子），而原来后天八卦的坎离两卦，已分别转到了东卯西酉的方位，由丹术重视坎、离两卦，故以此位置称大周天为“卯酉周天”，称小周天为“子午周天”。与小周天用后天八卦相对，大周天采用先天八卦图式。
小周天是有为阶段，在炼化两过程中必须真意为媒，使二五妙合，铅汞成丹。大周天则是由有为过渡到无为阶段，化气为神，使二化为一，使元神纯阳可以出景。
此大周天阶段，又喻为养胎，入十月关后大周天工夫，实际即是入定功夫。气由微动到不动而尽化，真意运用由双目观照到无觉，此时由定生慧，入六通灵境，果能慧而不用，转识成智，则胎圆可证，阳神可成。
大周天具体作法自然坐姿，或盘膝坐式，坐定之后，调节意识活动，从左前人体内运于脐轮，神与气合，真气流盈于丹田，由小而大，由大而小，不断精炼。
然后精气流在意念导引之下，上至璇玑穴，向左臂而下，至曲池，经内关逆掌以及指尖，出手臂至手臂外关，上肘逾肩井，上大椎而下，出尾闾。
由下复上，过玉枕，达昆仑泥丸至面部，过鹊桥，降重楼，经胃口过脐，至玉柱，复到气海，行于右腿，历膝关，穿足背至趾间转涌泉踵后，上运过阴谷，通过尾闾，复至顶门。
如前下鹊桥，依次到左腿，如循右腿经脉一样，下落涌泉，贯尾仓而下摄元海，如上真气循经贯注一周。
大周天炼气化神即把在小周天中炼成的丹母送进十二经脉、奇经八脉，将它炼成精、气、神三宝合一，能量无比的“大药”。
内丹炼化精气，应掌握一阳之气生发的天然时机，于“正子时”起身炼精，采药归炉，此为产大药之时，亦即大药完成的生理信号。这时丹田火炽，两肾汤煎，眼吐金光，耳后风生，脑后鹫鸣，身涌鼻搐一类，为得药之景，所得即为大药，这一时刻即叫“正子时”。
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